Инструкции сильно устарели, ссылки побились, вышли новые версии программ, много чего поменялось, есть много непонятных моментов, особенно для новичков. 
Так что решил написать статью полностью с нуля, никакого копи-паста. 

Сразу скажу, что для сервера требуется достаточно мощная машина (Pentium 4, CPU3 GHz, 1 GB Ram минимум), тем более, если вы рассчитываете играть на своем сервере с этого же компьютера (Core 2 Duo 2.6 GHz, 2 GB Ram). Если сервер не только для локальной сети, но и для инета, то вам понадобиться широкий канал (от 4 мб/с на 16 слотов) и самое главное – выделенный ip адрес, он чаще всего покупается у провайдера за отдельную абонентскую плату (или бесплатно, если повезёт). 

1. Установка чистого сервера 
Сначала определимся, что такое HLDS, и где его взять. HLDS – Half Life Dedicated Server – выделенный автономный сервер для Half-Life и CS 1.6. Выделенный – значит отдельный, для его запуска лучше использовать отдельный компьютер, сервер создается без запуска самой игры, что очень удобно. Чаще всего ставятся именно выделенные сервера. В no-steam версиях CS он обычно устанавливается вместе с самой игрой, т.к. сервер использует многие файлы самой игры (т.е. HLDS – это серверная часть игры). Использовать этот сервер не рекомендуется, но вполне реально. Нам нужна последняя, официальная, "чистая" версия HLDS. Он бесплатный, его можно спокойно скачать из интернета. 
Сервер скачивается с серверов steam, размер 315 мб. 
Для этого нам понадобиться программка hldsupdatetool. Скачиваем её: http://storefront.steampowered.com/download/hldsupdatetool.exe. 
Устанавливаем, путь установки лучше оставить по умолчанию (C:\Program Files\Valve\HLServer). Запускаем HldsUpdateTool.exe, пойдет процесс проверки обновлений (программы, а не самого сервера). Если есть обновления, она сама их скачает и установит. Создаем папку serv на диске C:. В эту папку (C:\serv\) будет скачиваться сервер. Далее нам нужно запустить HldsUpdateTool.exe с ключами -command update -game cstrike -dir c:\serv. 
Как запустить программу с ключами? Проще всего это сделать через ярлык: нажимаем правой кнопкой по hldsupdatetool.exe и выбираем создать ярлык. Заходим в его свойства (правой кнопкой мыши по ярлыку -> свойства). Смотрим на поле объект, там у нас должно быть "C:\Program Files\Valve\HLServer\HldsUpdateTool.exe" (если вы делали всё в точности по этой статье). Нам нужно всего лишь к этой строчке добавить ключи, написанные выше. В результате это будет выглядеть так: "C:\Program Files\Valve\HLServer\HldsUpdateTool.exe" -command update -game cstrike -dir c:\serv. Не напутайте с пробелами, всё должно выглядеть точно так, как написано; нажимаем "Применить". Запускаем ярлык, пойдет процесс загрузки HLDS. 
Внимание! Бывает, что сервер не отвечает и скачка не идет, придется попробовать еще раз, но позже. По окончанию загрузки в папке C:\serv\появится куча файлов, это и есть наш HLDS. Сразу сделайте копию этой папки на всякий случай, чтоб было откуда восстанавливаться. Папку с сервером можно его перенести в любое другое удобное место. Пусть это будет D:\Server\. 
Сам сервер уже можно запустить, заходим в папку сервера, запускаем hlds.exe. Выбираем параметры и жмем Start Server. 
Не забудьте, что сейчас у вас в руках официальный сервер, а значит с No-Steam (пиратская кс) на сервер вы не зайдёте. Будет ошибка "STEAM validation rejected". Чтобы это исправить, нужно установить Dproto, но об этом позже. 
Как узнать версию сервера? Наберите в консоли сервера version: 

Protocol version 48  Exe version 1.1.2.6 (cstrike)  Exe build: 14:21:06 Mar 8 2010 (4554)

2. Настройка сервера 
Все основные параметры сервера хранятся в файле server.cfg в папке cstrike. 
Открываем его блокнотом. Смело оттуда всё удаляем и вставляем примерно следующее: 

// Старт сервера  hostname "Test Server" // Название сервера  maxplayers 17 // Количество слотов  map de_dust2 // Карта, с которой стартует сервер  sv_lan 0  // Подгружаем бан-листы  exec banned.cfg  exec listip.cfg  // Настройки  mp_autokick 0 // (1) Автокик тимкиллеров  mp_autoteambalance 1 // (1) Автоматический баланс команд  mp_buytime 0.5 // (1.5) Время на покупку (мин)  mp_c4timer 35 // (45) Время таймера на бомбе (сек)  mp_chattime 3 // (10) Время до загрузки следующей карты (сек)  mp_flashlight 1 // (0) Разрешить фонарик  mp_forcecamera 0 // (0) Ограничение просмотра игры после смерти  mp_forcechasecam 1 // (0) После смерти можно смотреть только за своей командой  mp_freezetime 2 // (6) Время, после которого стартует раунд (сек)  mp_friendlyfire 0 // (0) Попадения по своим не будут учитываться  mp_limitteams 0 // (2) Максимальная разница игроков в командах (для автобаланса)  mp_playerid 1 // (0) Выводить информацию о игроках при наведении прицела  mp_roundtime 2 // (5) Длительность раунда (мин)  mp_timelimit 30 // (0) Время на карту (мин)  sv_voicequality 5 // (3) Качество голоса  sv_voicecodec voice_speex // (voice_miles) Звуковой кодек  // Рейты  sv_maxrate 20000  sv_maxupdaterate 101  sv_minrate 10000  sv_minupdaterate 60

Всё, что идет после "//" считается комметарием. В скобках указано значение по умолчанию. Здесь, конечно, не все настройки, только основные, этого вполне хватит. 

Теперь открываем блокнот и пишем следующую строчку (строка запуска сервера): 
start "Server" /min /high "hlds.exe" -game cstrike -console +port 27015 +ip 255.255.255.255 

Рассмотрим подробнее, что здесь написано: 
start "Server" – запуск консоли с заголовком Server 
/min – свернуть после запуска 
/high – ставим высокий приоритет 
-game cstrike - запускать сервер под CS 
-console - сервер стартует в консольном режиме 
+port 27015 - порт, на котором будет работать сервер (по умолчанию порт 27015) 
+ip 255.255.255.255 – ip адрес сервера 

Меняем всё как вам нужно, Файл -> Сохранить как. Имя файла: Server.cmd. Тип файла: все файлы. Сохраняем в корневом каталоге сервера. 
Теперь запускаем сервер только через Server.cmd. 

Можно также добавить вот эти параметры: 
-nomaster – не выводить сервер в списке серверов инета 
-insecure – отключить VAC 

Вобще в строку запуска можно приписать хоть все параметры из server.cfg: 
+map de_dust2 - сервер запуститься с карты de_dust2 
+maxplayers 17 – количество слотов (до 32) 
+sv_password 333 – пароль на сервер 
...и так далее. Естесственно, если вы вписываете какую-то консольную переменную в строку запуска, из server.cfg её лучше удалить, а то запутаетесь :) 

3. Установка Metamod 
Metamod служит для подключения дополнительных модов на сервер, таких как AMX Mod X, StatsMe, античитов и др. 
Он встроен в автоматический установщик Amx Mod X Full Installer, но мы всё будем делать ручками, так что... 
Скачать Metamod можно c официального сайта: http://prdownloads.sourceforge.net/metamod/metamod-1.19-win.zip?download (310 Кб, версия 1.19). 
В папке cstrike создаем папку addons, а внутри неё папку metamod. И распаковываем файл metamod.dll в неё. Открываем \cstrike\liblist.gam (блокнот) и исправляем строчку gamedll "dlls\mp.dll" на gamedll "addons\metamod\metamod.dll" и сохраняем. 
Всё, метамод установлен, можно приступать к установке модов. 

4. Установка и настройка AMX Mod X 
Качаем AMX Mod X 1.8.1 с официального сайта http://www.amxmodx.org/downloads.php. Есть два варианта: первый - скачать Full Installer, тогда всё поставится автоматически, просто следуйте указаниям инсталлятора, не забудьте там выбрать тип мода: CS 1.6; второй – скачать отдельно AMX Mod X Base (это базовые файлы, для всех модов) и Mod Addon Pack - Counter-Strike Addon – Windows. 
Но я больше доверяю ручному (второму) способу, так что качаем архивы. Открываем первый архив (amxmodx-1.8.1-base.rar), распаковываем в папку\cstrike\ сервера (у меня это D:\Server\cstrike), жмём Ок. Открываем второй архив, распаковываем туда же, соглашаемся на замену всех файлов. 

В папке cstrike/addons/metamod создаём файл plugins.ini. В этом файле будут содержаться пути к библеотекам подключаемых модов. Впишите туда первую строчку: 
win32 addons/amxmodx/dlls/amxmodx_mm.dll 
и сохраните. Так мы подключили AMX Mod X. 

По ходу статьи нам придется подключить ещё несколько модов, в результате файл addons/metamod/plugins.ini может (!) выглядеть так: 

win32 addons/amxmodx/dlls/amxmodx_mm.dll  win32 addons/dproto/dproto.dll  win32 addons/mmtimer/mmtimer.dll  win32 addons/podbot/podbot_mm.dll